MEGA進化樹是來自國外的一款操作便捷，功能強大的分子進化遺傳分析軟件，軟件功能齊全，界面簡單直觀，新版本帶來了更多的功能和改善，增加了了向導式系統，用于識別樹中的基因復制事件，并且重新考慮樹資源管理器，以便可以顯示多達100k類群的樹。

【功能特點】

　　1、【序列分析】

　　系統發育推論

　　型號選擇

　　約會和時鐘

　　祖傳國家

　　選擇和測試

　　序列比對

　　2、【統計方法】

　　最大似然

　　距離方法

　　普通最小二乘

　　最大的簡約

　　復合似然

　　貝葉斯

　　3、【強大的視覺工具】

　　對齊/跟蹤編輯器

　　樹探索者

　　數據探索者

　　傳奇發電機

　　基因復制向導

　　時間樹向導

【使用教程】

　　1、首先根據提示安裝好軟件之后，準備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。

　　2、打開MEGA7，點擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點擊ok。

　　3、打開剛剛保存下來的fasta序列。

　　4、點擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，出現下圖，參數根據需求修改，在這我們就直接選擇默認，點擊ok。

　　5、比對完成后，點擊Data –Phylogenetic Analysis，出現下圖坐標箭頭指向的兩個按鈕。

　　6、點擊Phylogeny，有5個構建進化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（鄰接法）和Minimum-Evolution（最小進化法）方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining（鄰接法）建樹。

　　7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點擊Compute得到下面結果，根據自己的需求對樹進行修飾。