ImageJ是一款使用JAVA語言寫成的科學(xué)用圖像處理軟件，可以顯示、編輯、分析、處理8位/16位/32位圖像，支持多種圖像格式，支持用戶自定義插件和宏，大大擴(kuò)展了軟件功能。可運(yùn)行于Microsoft Windows，Mac OS、Mac OS X、Linux和Sharp Zaurus PDA等多種平臺(tái)。

　　ImageJ 支持圖像棧功能，即在一個(gè)窗口里以多線程的形式層疊多個(gè)圖像， 并行處理。只要內(nèi)存允許，就能打開任意多的圖像進(jìn)行處理。除了基本的圖像操作， 比如縮放、旋轉(zhuǎn)、 扭曲、平滑處理外，還能進(jìn)行圖片的區(qū)域和像素統(tǒng)計(jì)、 間距角度計(jì)算、創(chuàng)建柱狀圖和剖面圖，進(jìn)行傅里葉變換。

【功能特點(diǎn)】

　　無處不在：ImageJ是用Java編寫的，它允許在32位和64位模式下運(yùn)行在Linux、Mac OS X和Windows上。

　　開放源代碼：ImageJ及其Java源代碼在公共領(lǐng)域中是免費(fèi)的。無需許可證。

　　用戶社區(qū)：IMAGEJ擁有一個(gè)龐大且知識(shí)淵博的全球用戶社區(qū)。超過1700名用戶和開發(fā)人員訂閱了IMAGEJ郵件列表。

　　宏：使用宏自動(dòng)執(zhí)行任務(wù)并創(chuàng)建自定義工具。使用命令記錄器生成宏代碼，并使用宏調(diào)試器進(jìn)行調(diào)試。IMAGEJ網(wǎng)站上有300多個(gè)宏可用。

　　插件：通過使用Image J的內(nèi)置文本編輯器和Java編譯器開發(fā)插件來擴(kuò)展Image J。有500多個(gè)插件可用。

　　工具箱：使用ImageJ作為圖像處理工具包（類庫）來開發(fā)小程序、servlet或應(yīng)用程序。

　　速度：Image J是世界上最快的純Java圖像處理程序。它可以在0.1秒內(nèi)過濾2048x2048圖像（*）。這是每秒4000萬像素！

　　數(shù)據(jù)類型：8位灰度或索引顏色、16位無符號(hào)整數(shù)、32位浮點(diǎn)和RGB顏色。

　　文件格式：打開并將所有支持的數(shù)據(jù)類型保存為TIFF（未壓縮）或原始數(shù)據(jù)。打開并保存gif、jpeg、bmp、png、pgm、fits和ascii。打開DICOM。使用URL打開TIFF、GIF、JPEGS、DICOM和原始數(shù)據(jù)。使用插件打開并保存許多其他格式。

　　圖像顯示：提供了縮放（1:32到32:1）和滾動(dòng)圖像的工具。所有的分析和處理功能都在任何放大系數(shù)下工作。

　　選擇：創(chuàng)建矩形、橢圓形或不規(guī)則區(qū)域選擇。創(chuàng)建線條和點(diǎn)選擇。編輯選擇并使用魔杖工具自動(dòng)創(chuàng)建它們。繪制、填充、清除、過濾或測量選擇。保存所選內(nèi)容并將其傳輸?shù)狡渌麍D像。

　　圖像增強(qiáng)：支持8位灰度和RGB彩色圖像的平滑、銳化、邊緣檢測、中值濾波和閾值處理。以交互方式調(diào)整8、16和32位圖像的亮度和對比度。

　　幾何運(yùn)算：裁剪、縮放、調(diào)整大小和旋轉(zhuǎn)。垂直或水平翻轉(zhuǎn)。

　　分析：測量選擇或整個(gè)圖像的面積、平均值、標(biāo)準(zhǔn)偏差、最小值和最大值。測量長度和角度。使用真實(shí)世界的測量單位，如毫米。使用密度標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行校準(zhǔn)。生成柱狀圖和剖面圖。

　　編輯：剪切、復(fù)制或粘貼圖像或選定內(nèi)容。使用AND、OR、XOR或“混合”模式粘貼。向圖像添加文本、箭頭、矩形、橢圓或多邊形。

　　顏色處理：將32位彩色圖像分割為RGB或HSV組件。將8位組件合并為彩色圖像。將RGB圖像轉(zhuǎn)換為8位索引顏色。將偽調(diào)色板應(yīng)用于灰度圖像。

　　堆疊：在單個(gè)窗口中顯示相關(guān)圖像的“堆棧”。使用單個(gè)命令處理整個(gè)堆棧。以堆棧形式打開圖像文件夾。將堆棧保存為多圖像TIFF文件。

【灰度分析教程】

　　1、安裝好ImageJ軟件后，將你做的WB圖片進(jìn)行掃描，得到掃描版圖片。

　　2、點(diǎn)擊軟件上方的 File-Open，將掃描圖片拉入進(jìn)入軟件中。接著點(diǎn)擊軟件上方的Image-Type，將其改為 8-bit。

　　3、點(diǎn)擊Analyze，下拉點(diǎn)擊Set Measurement，點(diǎn)擊圖中所勾的四個(gè)選項(xiàng)，然后點(diǎn)擊ok確定。然后點(diǎn)擊Process-Substract Background，只勾圖中Light Background一個(gè)選項(xiàng)，點(diǎn)擊ok即可。

　　4、點(diǎn)擊Analyze-Set Scale，點(diǎn)擊它，彈出一個(gè)小框，把Unit Of Length 那個(gè)空白框內(nèi)的英語改為pixels，點(diǎn)擊OK即可。

　　5、開始點(diǎn)擊File下方一些列不規(guī)則圓圈，選擇心型圓圈，點(diǎn)擊出現(xiàn) Freehand Selections。然后點(diǎn)擊Edit-Invert，點(diǎn)擊即可。

　　6、最后一步，進(jìn)行灰度統(tǒng)計(jì)。用鼠標(biāo)選擇圖中亮色區(qū)域，盡可能的把亮色區(qū)域全部圈起來。然后點(diǎn)擊 Anlyze-Measurement，即可彈出你選定區(qū)域的灰度統(tǒng)計(jì)值。

【怎么去除背景】

　　在ImageJ中去除特定區(qū)域通常是采用蒙版設(shè)置來實(shí)現(xiàn)的：

　　首先點(diǎn)擊 File-Open 按鈕，打開需要處理的圖片，

　　再選擇 Image-Type 修改圖片類型為可編輯狀態(tài)，例如 8 bit 就是常用的格式。

　　復(fù)制圖像或者STACK，根據(jù)背景的特點(diǎn)選擇相應(yīng)的處理方式，

　　（1）Threshold圖像：點(diǎn)擊 Image-Adjust-Threshold 選項(xiàng)，移動(dòng)標(biāo)尺（右側(cè)輸入數(shù)值也可），將需要編輯的目標(biāo)區(qū)域都標(biāo)記為紅色，并點(diǎn)擊 Apply 使之變?yōu)榘妆尘啊?/p>

　　（2）圖像平滑：可以利用 Process 中的 smooth 功能，依次點(diǎn)擊Process → Binary → Dilate 可以微微擴(kuò)大黑色區(qū)域，從而產(chǎn)生更好的蒙版。

　　最后點(diǎn)擊 Process 選擇 Image Calculator 減去蒙版圖像，就可以得到處理完成的圖像。

【怎么加標(biāo)尺】

　　首先點(diǎn)擊 File-Open 按鈕，打開圖片。

　　然后點(diǎn)擊 Analyze-Set Scale 設(shè)置相關(guān)參數(shù)。

　　原圖片實(shí)際像素及大小用Photoshop中看出。像素為1360×1024，大小為23.99×18.06 cm。由于對拍攝實(shí)物進(jìn)行了640倍放大，計(jì)算出1360像素對應(yīng)拍攝實(shí)物的長度為（23.99×10000/640μm），然后計(jì)算一個(gè)像素對應(yīng)長度。

　　設(shè)置參數(shù)，設(shè)置參數(shù)為3.60像素對應(yīng)1.00微米，然后點(diǎn)上Global，有效數(shù)字與上圖相同，點(diǎn)OK。具體數(shù)據(jù)仔細(xì)計(jì)算后得到，這里只是簡單說明。

　　然后依次點(diǎn)擊 Analyze-Tools-Scale Bar... 按鈕設(shè)置標(biāo)尺格式。

　　設(shè)定相關(guān)參數(shù)后，就可以隨心設(shè)定標(biāo)尺長度、顏色、字體大小、位置等，點(diǎn)OK確定。

　　然后點(diǎn)擊 File-Save As 另存為想要的格式（一般存為Jpeg或Tiff即可）就可。